如今，在日常生活中经常看到化粪池如果化粪池长时间不清洗，会造成粪渣板结，污物无法无害化处理。此外，如果污水井高度封闭，沼气溢出甚至可能引起沼气爆炸。
化粪池内有大量沼气，有毒。但池中沼气通常会从盖子的缝隙中逸出，随风飘散，下雨时，雨水流入化粪池，导致水位上升，迫使更多的沼气和其他废气排出，空气中弥漫着臭味。所以要定期清理化粪池。
经过三个多月的厌氧消化，污泥中的有机物分解为稳定的无机物，易腐生污泥转化为稳定的熟污泥，改变了污泥的结构，降低了污泥的含水量。定期清理和运输污泥进行填埋或用作肥料。
可以说化粪池变废为宝，但在日常生活中，化粪池里总会堆积一些废物，无法完全分解。这时候化粪池时间长了会堵，不及时处理会污染环境。
运输过程中产生二次污染。吸粪车的滴洒泄漏使臭气蔓延。如果粪渣无出路，会发生清掏者随意倾倒，粪渣的较终处置引起再次污染。
大部分化粪池很难做到定期清掏, 有的甚至十几年从不清掏, 等到粪便溢漏才清理。因此, 造成大部分化粪池沦为“过流池”, 粪便几乎不经任何处理就排入下水道。
设计清掏周期过长，则化粪池容积过大，增加造价。《建筑给水排水设计规范》（GBJ15-88）（以下简称《规范》）要求清掏周期为3～12个月，实际设计中多取3～9个月，而酸性发酵阶段的酸性发酵期为3个月，酸性减退期为5个月左右。