病源性检测仪器：传统的检测仪器是用镜检和菌落计数器等，目前用于、致病菌鉴定的仪器有六种以上。广为应用的仪器包括基因检测仪器、碳源代谢利用率检测仪器、生物芯片技术平台、基于表面等离子谐振(SPR)仪器及基于特征脂肪酸谱的仪器。

微生物毒素检测仪器：目前使用较多的是酶标仪、薄层色谱仪、测定仪等，内源毒素类可用液相色谱仪或分光光度计检测；近年来海洋生物毒素的检测广泛运用液相色谱仪以及 CE 和 CE–MS 联用仪检测。

转基因产品检测仪器：主要方法包括基因转录水平和基因水平的检测，主要使用离心机等制备基因样品的设备，用基因扩增仪(PCR)和酶标仪、电泳系统等进行分离、分析和检测的仪器。