单用户商城系统构建的网站所有商品、订单等都经过同一个后台管理处理，比如京东商城、李宁官方旗舰店，所有的商品信息、产生的订单、会员管理全部由该网站工作人员在后台处理。同时，网站所属方也是整个网站的经营者，用户不能在网站上申请开店经营。这种系统比较适合搭建B2C网上商城和规模较小的网上零售商店。
多用户商城系统的所有操作并非在一个管理后台中完成，网站的工作人员在后台主要负责管理店铺、会员、站点新闻、广告、系统信息等，具体的商品管理、订单操作则是由所属店铺人员自行处理。用户可以在网站上申请开店。多用户商城系统较适合搭建C2C、B2B电子商务平台，比如淘宝、拼多多。