相对来说，银行保函在使用上的限制相对少一些，原因如下：

资金占用方面：银行保函无需承包人预先缴纳大量现金，只是在银行冻结相应的信用额度。这对于承包人，尤其是资金紧张的承包人而言，极大地减轻了资金压力，使其可以将更多资金用于工程建设本身或其他经营活动，而保证金则会占用承包人大量资金，履约担保书也可能因高额担保费用对承包人资金产生较大压力。

适用范围方面：银行作为具有较高信誉和广泛认可度的金融机构，其出具的保函在国内和国际工程建设领域都被普遍接受。无论是政府投资项目还是私人投资项目，发包人通常都认可银行保函作为履约担保方式。而履约担保书可能会受到担保机构资质和信誉的限制，一些小型或信誉不佳的担保公司出具的担保书可能不被发包人认可。另外，在一些国际工程项目中，对担保机构的国际影响力和信誉要求较高，这可能导致部分国内担保公司出具的履约担保书难以满足要求。

索赔和退还程序方面：银行保函的索赔和退还程序相对较为规范和明确。一般情况下，只要发包人能够提供符合保函条款约定的证明文件，银行就会按照约定进行赔付。而且银行保函通常有明确的有效期，到期后如果没有发生索赔事项，保函自动失效，无需承包人再进行繁琐的退还手续。相比之下，保证金的退还需要承包人向发包人申请，经过发包人或相关部门的审核确认等程序，过程较为繁琐，且容易受到人为因素的影响。履约担保书在索赔时，可能会因担保公司的赔偿能力、责任认定等问题产生纠纷，影响索赔的效率。

不过，银行保函也并非完全没有限制，如银行会对承包人的资质、信誉和财务状况进行严格审查，开具保函的手续相对复杂，且需要一定的费用等。但综合来看，与履约担保书和保证金相比，银行保函在使用上的限制相对较少，具有较高的灵活性和便利性，在工程建设领域得到了广泛的应用。