日常档案管理中，不少操作会降低无酸档案盒的保护效果。个误区，认为无酸盒可以防潮防虫，无酸纸只解决酸化问题，不具备防霉、防虫能力，潮湿环境一样发霉生虫，还是需要配合防虫药、控湿措施。
第二个误区，档案盒装满之后强行压紧，文件挤压在一起，纸张纤维长期受压，容易产生折痕，查阅时破损。还有直接在盒面、盒脊用记号笔大力涂抹，墨水渗透进板材，向内污染盒内文件。
还有混用不同材质档案盒，同一套科技或文书档案，一部分用无酸盒，一部分用普通牛皮盒，酸性盒子释放的酸会在库房内扩散，影响周边档案。部分管理人员直接用胶带缠绕档案盒加固，胶带老化后残胶附着盒面，破坏无酸表层。档案盒破损后，直接用普通胶带修补，也是错误做法，修复要使用无酸胶带、无酸修补材料。