很多从业者容易混淆食品经营许可证和 SC 食品生产许可证，二者适用的经营行为完全不同。如果只是采购成品食品对外售卖，开办餐饮店，做食品仓储配送，只需要办理食品经营许可证；如果是利用原料加工制作食品，形成自有产品对外销售，则必须办理 SC 食品生产许可证。在场地要求上，生产许可标准更加严苛，对车间布局、洁净程度、工艺管控、出厂检验都有强制要求；经营许可重点管控储存条件、进货查验和环境卫生。许可类别划分也不一样，生产许可按照食品品类划分，经营许可区分销售类、餐饮类。
同一主体可以同时持有两张资质，例如自有工厂生产产品，同时开设门店销售。但不能用经营许可证代替生产资质加工食品，也不能凭生产许可随意开展餐饮服务，资质类型要和实际经营业务保持一致。