整套认证流程大致分为前期诊断、体系搭建、试运行、内审与管理评审、预审核、正式现场评审。企业首先对照标准找出现有差距，编制体系文件，把质量要求落实到生产、仓储、检验各个岗位，保证体系有足够试运行记录。试运行完成后，企业自主开展内审，识别内部短板，再组织管理评审评估体系适宜性。正式评审前一般安排预审核，提前整改问题。现场评审会抽查原始记录、工艺管控、五大工具资料、设备校准、人员能力等内容。
评审通过后方可获证。取证之后每年需要迎接监督审核，证书到期前启动再认证；如果新增产品、拓展工艺范围，还要办理扩项。整套流程看重真实运行证据，只靠纸面文件很难顺利通过评审。